ヨドバシドットコムを使ったことがないので、なんとも言えませんが、
ヨドバシとアプラスの契約がないから、その場合、VISA/Masterの
取り込み(アクワイアラ)が三菱UFJニコスになる契約をしているようです。
http://www.yodobashi.com/ec/support/beginner/payment/index.html
にはアプラスのマークがありません。
逆に、私が持っている三菱UFJニコスカードで他店で決算すると
「ラクテンカード」「TS3」などアクワイアラ表記されます。
アプラスは加盟店が少ないため、なかなか「アプラス」と表記されないと思います。