国税スマートフォン決済専用サイトでのAmazon Pay決済エラーについて、問い合せをして回答が得られました。
決済業者のGMO側では1度に30万という制限はあるものの複数に分けての納付に制限は無いそうです。(2022/12/2現在)
しかしAmazon側でエラーが出てしまっています。制限自体は掛けていないとの回答は得られましたが、高額決済を繰り返す事による不正アクセス等の被害を防ぐためのセキュリティシステムが反応してしまいエラーになるのだそうです。
これは、人為的に解除ということが出来ず、また解除までの期間ですが早ければ半日で解除されることもあるが遅い場合はどのくらいかは分からないそうです。
人為的な解除はもちろん解除のルールもそれが判明すると不正のリスクが増すため、公開していないと思われます。
私の場合、2日経ってもまだ解除されません。
解除前に試してエラーになると2日間の待機期間は0に戻るため、これから3日ほど待機して再度チャレンジする予定です。
なお、この間出前館は決済できましたので、法人税とか消費税の区分ではなくおそらくサイト毎にセキュリティが働くと思われます。
セキュリティに引っかかる人が多い気がするので、いずれ税金の分割納付は出来なくなる気がします。